Ne pouvant se résoudre au départ de Sasuke, Sakura décide de partir à sa recherche. Naruto entend bien l'accompagner...
Serena prouve une fois de plus ses talents de cuisinière, en préparant des profiteroles, des pâtisseries destinées spécialement aux Pokémon.
Un petit Pokémon à l'air triste atterrit dans les cheveux de Clem, et nos héros sont bien déterminés à découvrir ce qui ne va pas ! Son dresseur, Fabien, explique que ce petit Flabébé est très lié à son épouse, Florence. Mais elle est tombée malade, et, lorsque Flabébé a voulu lui rendre visite à l'hôpital, une voiture qui passait a écrasé sa fleur ! Sans sa fleur, Flabébé s'affaiblit, mais il n'en veut aucune autre : il a besoin d'une Fleur Fée, et ces fleurs sont très difficiles à trouver ! Nos héros se lancent à la recherche de la fameuse fleur, " aidés " par la Team Rocket, déguisés en guides touristiques.
Sacha, Serena, Lem et Clem rencontrent Dianthéa, le Maître de la région de Kalos ! Le Professeur Platane est également sur place, en train de faire des recherches sur le Gardevoir de Dianthéa, et sa Méga-évolution. Sacha défie Dianthéa dans un combat, et compte tenu de circonstances exceptionnelles, elle accepte ! Cependant, l'affrontement est rapidement interrompu par la Team Rocket, qui emprisonne Gardevoir dans une cage d'énergie et s'enfuit ! Mais grâce aux liens solides qui les unissent, Dianthéa sait exactement où se trouve Gardevoir, et elle se met immédiatement en route, entraînant nos héros avec elle. Une fois retrouvée, elle défie la Team Rocket, en invoquant la puissance de sa Gemme Sésame, et, à l'intérieur de sa cage, Gardevoir méga-évolue !
Suite à un nouvel essai pour capturer Pikachu (et à un nouvel échec), la Team Rocket ourdit un nouveau plan : s'habiller comme Sacha, Serena et Clem, et se promener en ville en semant le désordre partout ! Lorsque nos héros arrivent en ville à leur tour, ils apprennent ce qui se passe, et promettent à l'Agent Jenny qu'ils éviteront de s'attirer des ennuis pendant qu'elle mène son enquête.Pendant ce temps, Jessie et James, maintenant déguisés en scientifiques, ont attiré Lem loin de ses amis et l'ont flatté pour qu'il accepte de les aider à parachever deux de leurs appareils. Le lendemain, en utilisant leurs robots, ils capturent Pikachu et réussissent à s'enfuir, jusqu'à ce que Lem produise une nouvelle invention ! La Team Rocket s'en va à nouveau vers d'autres cieux, tandis que Pikachu, sain et sauf, retrouve Sacha !